конечно. 
Получалось.
Но принимая во внимание что пользоватся CarPC  никуда не встраивая программу просто не возможно.Еще раз репродьюсить багу желания нет, повторяется не сразу. 
Смею предположить что тут есть связь с разрешением экрана
Да и встраивание программы заключается в том что окно программы просто привязывается в определенное место. Ни каким образом центрифуга не влияет на работу приложения. ну может единственно это по hWnd хендлу отредактирует размер . Путем отправки  сообщения 
WM_SIZE  окну центрифуги. Ошибка скорее всего в ситигайде в обработчике этого сообщения. Более конкретно ни чего не могу сказать не видя исходного кода