Ой как ты далеко от этого!
Смотри!
Открываем даташит на 328:
Видишь что внутри корпуса написано?
Это физические контакты.
А снаружи что они делают.
Соответственно Ищем даташит на 32U4
И если в коде ни чего менять не хочешь то ищешь какой вывод какому соответствует и просто меняем их физически.
Если хочешь сделать удобнее их расположение, то придётся в прошивке менять выводы и порты.
Но есть выводы которые ты не сможешь поменять!
SPI и UART будут именно на тех выводах, что написаны на контроллере.
А вот цифровые входы-выходы можно менять на любые.
Тоесть выводы PB0-2 можешь назначить любые удобные поменяв их в коде,
А выводы MOSI, MISO, SCK, RX, TX будут только те, что написаны в даташите.
Смотрим на 32U4 и понимаем что выводы SPI занимают те же выводы что и нужные нам цифровые входы-выходы.
Тоесть придётся менять на другие.
Тоесть скажем PORTB |= ( 1 << PINB1);
это вывод PB1 можно сделать любым, только помни что с номером вывода меняется и порт.
PORTА |= ( 1 << PINА1);