Вообще, в связках Автомобильное ГУ + усилитель, для управления усилителями используется remote - управление включением усилителя от включения ГУ.
Нормальные усилители включаются с небольшой задержкой. Это сделано специально, чтобы в момент включения ГУ и уся небыло вот этого самого ПУК. Если ПУК присутствует (в рассматриваемой связке) значит усь - *****
В связке же звуковая карта + усь таковой remote отсутсвует, поэтому усь включается раньше, чем загрузится комп и инициализируется карта.
Выход, похоже, только один - включать усилитель ПОСЛЕ того, как компьютер загрузится полностью и инициализируются дрова звуковухи.
На крайний случай можно собрать схему задержки включения. Стоит порыться в Чип и Дипе. Там у них разные наборы для сборки существуют.