Вроде разобрался с проблеммой определения версии .NET Framework.
Оказалось что метод которым я проверял версию указывал на версию среды исполнения. Т.к. начиная с FW2 и до FW3.5 она одинаковая, то программа установки определяла что стоит FW2. У меня такой проблеммы небыло, т.к. установленн FW4.
Приношу свои извинения за предоставленные неудобства
.
Вы можете скачать обновленную версию.