Если с загрузчиком не получается, тогда придется программировать через программатор. Вот доступное описание программатора на lpt порту:
http://www.getchip.net/posts/delaem-...okontrollerov/
Вот, к стати, еще статья по программированию ардуиновских контроллеров:
http://www.getchip.net/posts/104-pro...ka-bootloader/ посмотрите её, там вроде какая-то альтернативная программа для загрузки прошивки предлагается.