так в /хомяк/.navit файл navit.xml и нужно скопировать.
так-как в его родной папке его придется править под rootом
http://wiki.navit-project.org/index.php/Configuration абзац после hierachie
у меня в Убунту он лежит тут: /etc/navit
его родные иконки тут: /usr/share/navit/icons
другие (свои) иконки и шкурки рекомендуют лОжить в хомяке в папке .navit