То же давно озадачился таким вопросом.
ITX в 2х диновый корпус не влезит по глубине, зато туда как "родная" встает мат. плата форм-фактора EPIC, например такая:
http://www.ipc2u.ru/catalog/U/UE/36608.html
Лично у меня в автомобиле штатное головное устройство 2 DIN, а внутри только монтажная плата и CD привод, но я себе буду ставить плату 3,5 ".