Уже отписывался в проекте топикстартера, да видимо, услышан не был...
Столкнулся в свое время с той же проблемой, и обусловлена она была не тем, что приемник - "железный СОМ" и что-то там за кем-то не успевает, а тем, что для растаскивания сигнала GPS использовался программный размножитель. Об подобных симптомах, кстати (метание курсора и т.п.) даже в хелпе к проге писалось, как об одном из побочных эффектов.
Скажите уже, страдальцы, вы размножители портов используете или это на голой системе происходит (один приемник, одна прога GPS)?