В первой схеме диоды D1-D3 - рабочая схема или нет, в любом случае не имеет смысла ставить больше одного, так как работать будет только один, у которого будет самое минимальное напряжение открытия. При недостаточной мощи он сгорит, потом следующий, и тд, хоть десяток поставь. Тем более что ж за диод то такой надо, если стартер берёт до нескольких сотен ампер?
Во второй схеме
Virtual про встроенный во все мосфеты диод уже сказал.
И вот у меня есть вопрос: при полностью заряженной Bat1 и достаточно (или полностью) разряженной Bat2 при их соединении не произойдёт ли пшик предохранителя?
Так как первые несколько секунд, как минимум, ток заряда будет наверняка приличный - от одного аккума к другому и + генератор ещё. Скорее всего нужно ставить какой-то ограничитель тока.