Ну тут не приветствуются готовые решения, тем не менее они есть.
BATTERY ISOLATORS Stingers solid state battery isolators distribute the charge from the alternator to two separate battery systems. Battery loads are completely isolated from each other. Available in 95, 120, 160, 240 amp ratings
Хотя вообщем то реле тоже проходит, но проблема перезаряда АКБ меньшей емкости остается.